So với cài đặt thông thường, cài đặt qua Wubi phải đối mặt với một số hạn chế. Hibernation không được hỗ trợ và hệ thống tập tin dễ bị tổn thương hơn khi reboot cứng.[3] Ngoài ra, nếu ổ đĩa Windows chưa lắp ghép hay bị lỗi (Windows lỗi, mất điện, etc.), Ubuntu sẽ không thể để sửa chữa, tái gắn kết, và khởi động từ ổ đĩa NTFS của Windows cho đến khi Microsoft Windows đã khởi động thành công, sửa chữa các ổ đĩa, và sau đó tắt máy bình thường. Nếu hệ thống Windows không thể khởi động được sau khi lỗi để sửa chữa các hệ thống tập tin, người sử dụng cũng sẽ không thể khởi động Ubuntu.

Hiệu suất liên quan đến truy cập đĩa cứng cũng là một chút chậm khi cài đặt bằng Wubi, lâu hơn như vậy nếu các tập tin ảnh đĩa cơ bản là phân mảnh, giống như các tập tin ảnh đĩa trong hệ thống tập tin Windows có chứa một hệ thống tập tin Linux trong khi không có Wubi chỉ hệ thống tập tin Linux được sử dụng mà có quyền truy cập phần cứng trực tiếp..[3]

Wubi tạo ra các tập tin root.disk sử dụng hệ thống tập tin NTFS độc quyền của Microsoft trong khi chạy dưới hệ điều hành MS Windows và sau đó trong khi hệ điều hành Ubuntu đang chạy nó truy cập tập tin đó sử dụng một trình điều khiển hệ thống tập tin thay thế.  Sự khác biệt giữa Microsoft và Linux trong các triển khai các của NTFS có thể dẫn đến các lỗi kỹ thuật của file root.disk ảnh hưởng đến các hệ thống tập tin NTFS trong một cách mà nó thậm chí có thể ngăn Windows khởi động. Chạy chkdsk /r từ MS Windows để sửa chữa các hệ thống tập tin NTFS bị hỏng và sau đó tắt Windows sạch có thể sửa chữa bất kỳ lỗi nào (điều này có thể rất tốn thời gian vì root.disk là một tập tin lớn).[6]